Sistem penjaminan mutu di Unusa berdiri berdasarkan pada keinginan Unusa untuk mewujudkan visi dan misi Unusa selain itu juga untuk menjadi agents of change and development yang mempunyai fungsi strategis dalam peningkatan daya saing bangsa (nation competitiveness). Oleh karena itu Unusa perlu memperbaiki kapasitas fisik, tata kelola, pendanaan dan sumberdaya manusia. Selain itu, juga perlu membangun unit penjaminan mutu sehingga menjadi institusi yang sehat dan berdaya saing. Penjaminan mutu merupakan bentuk tanggungjawab institusi pendidikan tinggi kepada publik (stakeholders).
Kepuasan stakeholders melalui layanan prima dan pencapaian visi menjadi prioritas sistem penjaminan mutu. Walaupun sistem penjaminan mutu bersifat internaly driven, namun Dikti terus menerus memantau dan memonitor implementasi sistem penjaminan mutu kegiatan akademik dan non akademik dalam bentuk Laporan Implementasi Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) pada setiap perguruan tinggi.Seiring dengan itu juga adanya Undang-Undang no 12 tahun 2012 tentang pendidikan tinggi (UU Dikti) yang mengukuhkan integrasi penjaminan mutu pendidikan tinggi tersebut dalam sebuah sistem dengan perubahan nama dari sistem penjaminan mutu perguruan tinggi menjadi sistem penjaminan mutu pendidikan tinggi di singkat SPM dikti yang terdiri dari sistem penjaminan mutu internal, sistem penjaminan mutu eksternal atau akreditasi dan pangkalan data pendidikan tinggi.
Tantangan akan diberlakukannya ASEAN Economic Community (AEC) pada tanggal 01 Januari 2015 yang menjamin keberlangsungan sirkulasi bebas (free flows) yaitu : Free Flows of Gooods, Free Flows of Service, Free Flows of Investment, Free Flows of Capital, Free Flows of skilled Labour di lingkungan ASEAN termasuk Indonesia. Untuk menghadapi Free Flows of Service dan Flows of skilled Labour, dunia pendidikan tinggi di Indonesia harus senantiasa meningkatkan mutu pendidikannya, sehingga lulusan dan hasil penelitiannya memiliki daya saing tidak saja di aras ASEAN melainkan juga aras dunia. Berdasarkan uraian diatas maka Unusa mengembangkan penjaminan mutu agar dapat memenuhi tantangan baru baik pada aras regional maupun global.